Não acredito que alguém que não seja a companhia aérea e / ou a empresa de vistos possa lhe dar uma resposta definitiva (e provavelmente eles realmente não farão isso, mesmo que possam), no entanto, se eu tivesse que acho que aqui está o que eu diria que aconteceu ...
Primeiro, vamos cobrir alguns fatos:
Você obteve seu ETA através de terceiros e não diretamente pelo governo australiano, como normalmente é recomendado. Isso, por si só, não é um problema, e há muitas partes que podem obter ETAs em seu nome, incluindo algumas que são (em algum sentido da palavra ou de outras) fraudes, mas também muitas que não são.
A empresa mencionada em seu e-mail, "IVisa Services" de North Sydney era um nome comercial válido, no entanto, seu registro comercial era cancelado em 2016. Isso pode ser um sinal de fraude, no entanto, neste caso, eu não necessariamente acredito que seja.
Normalmente, os ETAs são processados e aprovados instantaneamente, no entanto, cerca de 10% deles leva mais tempo para serem aprovados, geralmente depois de serem processados manualmente por um ser humano. Isso pode levar de minutos a horas (ou, na pior das hipóteses, dias). Mesmo assim, isso pressupõe que a empresa que você obteve o ETA o enviou ao governo australiano imediatamente, o que é possível que não.
Os ETAs são geralmente verificados automaticamente pelos sistemas das companhias aéreas. Caso a validação falhe, a equipe da companhia aérea terá um número com o qual poderá entrar em contato para verificar o motivo da falha e, potencialmente, receber aprovação para embarcar no passageiro, se houver algum erro.
Agora, juntando tudo isso, vejo duas possíveis razões pelas quais você foi recusado no embarque:
Seu ETA não havia sido processado no momento em que você tentou embarcar no avião, mas só foi aprovado algum tempo depois. Isso explicaria por que você pode vê-lo como válido agora, mas a companhia aérea não. Sua confirmação por e-mail diz que já foi aprovada, mas, como se trata de um e-mail de uma fonte não oficial, não podemos ter certeza de que é confiável. É possível que essa empresa sempre afirme que foi aprovada depois de enviada, mesmo que não tenha sido.
A validação de companhias aéreas do seu ETA falhou por algum motivo (por exemplo, erro no computador) e não seguiu o processo manual para confirmar que você tinha um ETA válido.