Ele foi executado por traição, o principal motivo parece ser porque ele estava conspirando fora das ordens de Dany para informar a todos quem Jon Snow é e que ele tem uma melhor reivindicação ao Trono de Ferro e, portanto, deve sentar-se nele em vez dela.
Tyrion: Your Grace? There's something you need to know.
Daenerys: Someone has betrayed me.
Tyrion: Yes.
Daenerys: Jon Snow.
Tyrion: Varys.
[...]
Tyrion: If I have failed you, my queen, forgive me. Our intentions were good. We wanted what you want. A better world, all of us. Varys as much as anyone.
Daenerys: But it doesn't matter now.
Tyrion: No. It doesn't matter now.
Game of Thrones, Season 8 Episode 5, "The Bells"
Note, porém, que Tyrion sabe que Varys também tentaria assassinar Dany após a conversa no episódio anterior, então poderia ter dito isso fora da tela.
Varys: You know where my loyalty stands. You know I will never betray the realm.
Tyrion: What is the realm? A vast continent, home to millions of people, most of whom don't care who sits on the Iron Throne.
Varys: Millions of people, many of whom will die if the wrong person sits on that throne. We don't know their names, but they're just as real as you and I. They deserve to live. They deserve food for their children. I will act in their interest, no matter the personal cost.
Tyrion: So, what happens to her? Please. Don't.
Varys: I've spoken as honestly as I can. Each of us has a choice to make. I pray we choose wisely.
Game of Thrones, Season 8 Episode 4, "The Last of the Starks"
Em "The Bells", também parece que Varys está tentando envenená-la através do uso de Martha trazendo sua comida. No entanto, Dany parece ser um pouco sábio em uma tentativa de matá-la e se trancou e não está comendo.
Varys: And? Nothing?
Martha: She won't eat.
Varys: We'll try again at supper.
Martha: I think they're watching me.
Varys: Who?
Martha: Her soldiers.
Varys: Of course they are. That's their job. What have I told you, Martha?
Martha: The greater the risk, the greater the reward.
Varys: Go on. They'll be missing you in the kitchen.
Game of Thrones, Season 8 Episode 5, "The Bells"
Também vale a pena notar, como mencionado em um comentário, que Dany fez Varys prometer dizê-la na cara dela, em vez de ir pelas costas se ele alguma vez pensou que ela estava errada. Embora ele tenha feito isso inicialmente, ela ignorou o conselho dele e agora ele está atrás das costas dela contra seus desejos, de modo que provavelmente também desempenha um papel nisso.