Eu interpreto o "atraso" como significando que a presença de Clara o fez chegar 300 anos depois do que deveria .
No momento em que ela pegou, já havia começado a desaparecer, presumivelmente com as coordenadas marcadas para Trenzalore 300 anos antes do que realmente chegou. Com um passageiro não planejado do lado de fora, os cálculos para colocá-lo no lugar certo e no horário estavam um pouco fora, e assim chegou na hora errada (com 300 anos de atraso).
CLARA: I was in space.
DOCTOR: Well, you were in the Time Vortex. She must have extended the force field. No wonder. No wonder she's late, dragging you around.
Como você define a "velocidade" no Vórtice do Tempo? Estar "atrasado" ao viajar no tempo faz tanto sentido quanto visualizar a viagem no tempo usando uma imagem de um vórtice físico.
Nós vemos o mesmo efeito quando Jack Harkness pega uma carona do lado de fora da TARDIS na série 3 episódio Utopia . Neste caso, a sua chegada inesperada faz com que a TARDIS se mova para o futuro, até o fim do universo.