No capítulo onze de Pedra filosofal nós temos a seguinte passagem:
"I'm tellin' yeh, yer wrong!" said Hagrid hotly. "I don' know why Harry's broom acted like that, but Snape wouldn' try an' kill a student! Now, listen to me, all three of yeh – yer meddlin' in things that don' concern yeh. It's dangerous. You forget that dog, an' you forget what it's guardin', that's between Professor Dumbledore an' Nicolas Flamel –"
Assim - pelo menos até onde Hagrid sabia - a Pedra já estava guardada por Fluffy. Harry não descobriu o Espelho de Oração até o próximo capítulo, o que significaria que a Pedra não estava protegida pelo Espelho naquele momento.
No entanto, também há uma implicação de que a Pedra já esteja no Espelho naquele momento. No capítulo doze, Dumbledore explicou a Harry como o Espelho funciona e depois mencionou explicitamente que isso prepararia Harry se ele se deparasse com ele novamente:
"The Mirror will be moved to a new home tomorrow, Harry, and I ask you not to go looking for it again. If you ever do run across it, you will now be prepared.
No capítulo dezessete, Harry acha que Dumbledore fez isso de propósito, a fim de dar a Harry uma chance:
"No, it isn't," said Harry thoughtfully. "He's a funny man, Dumbledore. I think he sort of wanted to give me a chance. I think he knows more or less everything that goes on here, you know. I reckon he had a pretty good idea we were going to try, and instead of stopping us, he just taught us enough to help. I don't think it was an accident he let me find out how the mirror worked. It's almost like he thought I had the right to face Voldemort if I could...."
Para que isso fizesse sentido, a Pedra já deveria estar no Espelho quando Harry descobriu o Espelho, ou pelo menos Dumbledore já deveria ter pensado em armazenar a Pedra lá. E se ele já tinha pensado na idéia, não parece haver muitas razões para ele não a ter executado imediatamente. Claro, porém, não faria muito sentido ter Fluffy e todas as armadilhas subsequentes se a Pedra nem estivesse escondida lá, a menos que toda a coisa do corredor do terceiro andar fosse apenas um engodo.