tl; dr - A guerra é boa para os negócios e para manter um governo no poder.
Um pouco de história - A Guerra de Kree-Skrull é uma trama de décadas que corre na Marvel Comics. Nele, os Kree são vistos como ... bem, talvez não os mocinhos, tanto quanto o menor dos dois males. Mas os Skrulls são definitivamente retratados como maus - eles estão prestes a conquistar mundos através da infiltração, praticamente exatamente como retratado no filme. Desde sua primeira aparição em Quarteto Fantástico, os Skrulls são claramente mostrados como maus e uma força destrutiva. A guerra se espalhou pela Terra muitas vezes ao longo dos anos, nos quadrinhos dos Vingadores e em muitos outros lugares, incluindo, obviamente, os vários livros do Capitão Marvel. Os Kree são certamente os "mocinhos", mas ainda estão dispostos a se envolver em alguns movimentos bastante pesados no desejo de vencer a guerra.
A mudança no filme foi (IMHO) para virar as expectativas em suas cabeças e servir como uma metáfora para a idéia de que a guerra, especialmente as longas, são ruins. Hala e o Império Kree são vistos como usuários pesados de propaganda em seu povo. Portanto, ter um inimigo pronto no "Império" de Skrull seria um dispositivo perfeito para servir à causa do apoio ao Império Kree. Portanto, os Skrulls são vistos como inimigos terríveis, facilitados por sua assustadora "outra" essência e pela idéia paranóica de que eles poderiam estar bem ao seu lado. Isso também permite maior segurança sobre a população.
Agora, IMHO, isso desperdiça um vilão clássico para o MCU (especialmente se Deus quiser que o Quarteto Fantástico esteja a caminho). Mas imagino que não haja motivo para que eles não pudessem inventar um ramo zeloso que preferiria revidar do que simplesmente correr e encontrar um novo lar. Isso também poderia servir como outra metáfora para o mundo atual, suspeito.