Fafner no Azure (2004), provavelmente.
A história é a de uma ilha que luta contra os Festum, monstros cristalinos amarelos. Os Festum têm um processo de "assimilação", pelo qual o alvo é cristalizado, despedaçado e incorporado à sua mente colméia (o Mir).
Os Fafner (os grandes mecha que os humanos usam para combater o Festum) armam os componentes Mir, mas quanto mais eles são usados, mais o piloto do Mecha corre o risco de se cristalizar. Por exemplo, essa mulher (S01E23, "Chamariz"):
Quanto ao "monstro ser criança", Wikipedia tem este bit:
Many of them are killed by the Festum in a process of assimilation. In desperation, they order the deployment of a mecha called the Fafner Mark Elf, but its pilot is killed en route to the hangar. Left with no further options, they send a young boy named Kazuki Makabe as the replacement pilot assisted by Sōshi Minashiro from within the Siegfried System.
Eu o encontrei pela memória, tendo identificado anteriormente esse anime para Anime no qual as pessoas em trajes mecha lutam contra monstros amarelos, mas quanto mais lutam, mais se transformam em cristais e acabam morrendo..