If that was the real plane carrying a nuke enough to level Manhattan, wouldn't the nuke explode and destroy the base along with them if he fired a rocket launcher at it?

Não.

Detonar um dispositivo nuclear moderno é, de fato, incrivelmente difícil e apenas derrubar a aeronave que a carregava não seria suficiente.

De fato, várias aeronaves que transportam dispositivos nucleares mais antigos caíram ou foram perdidas sem o dispositivo a bordo da detonação.

É provável que o acidente possa causar a liberação de material nuclear, mas a detonação é praticamente impossível.

No 1966 ...

...another B-52 carrying four hydrogen bombs crashed near the Spanish town of Palomares on Spain’s southeast coast after colliding with a refueling tanker. One of the four bombs was recovered virtually intact, according to The Washington Post, but two others released plutonium when their explosive triggers detonated. A fourth bomb fell into the sea, prompting a search that involved thousands of uniformed personnel, millions of dollars and 20 ships that ranged from submarines to minesweepers.

The fourth bomb was eventually recovered, but radiation released by the damaged weapons required a U.S.-led effort to decontaminate 640 acres of topsoil in the farmland around Palomares, Tad Sczulc reported in the Times. Military personnel initially wore face masks and gloves as they removed the soil, according to Sczulc’s account, and more than 1,600 tons of contaminated soil were sealed in steel drums and shipped to the U.S. for disposal.

^{Washington Post}

1964

In 1964, a B-52 carrying two unarmed atomic bombs crashed in western Maryland. In 1961, two nuclear-laden B-52s went down — one near Yuba City, Calif., and another north of Goldsboro, N.C. The bombs survived both crashes without detonating

Só porque a bomba foi lançada não significa que o mecanismo para detonar / critérios necessários para a detonação tenha sido atendido. Existem vários incidentes da vida real em que uma bomba nuclear foi lançada e não foi detonada - ou porque foi descartado e o mecanismo falhou ou porque o avião carregando a bomba caiu.

Agora que temos isso fora do caminho, o restante da resposta à sua pergunta é realmente simples: o Conselho de Segurança Mundial havia acabado de lançar uma arma nuclear direcionada a uma população civil. Nick Fury estava fazendo o que achava que precisava ser feito para recuperar a situação. Não teria sido um problema para ele se a bomba nuclear tivesse caído nos céus de Nova York e destruído o helicóptero - isso é para um bem maior em comparação com as bombas nucleares de Manhattan.

Atingir uma bomba nuclear com outro explosivo faria com que ela fracassasse.

As bombas nucleares têm diferentes "níveis" de detonação. Não é tudo ou nada, onde a bomba não reage de modo algum, ou explode em uma violenta explosão nuclear total. Se uma bomba estiver sujeita a extrema pressão externa, por exemplo, caindo no oceano ou sendo atingida por outra bomba, é provável que "fracasse". Isso é causado pelo disparo de explosivos químicos, mas não com o tempo exato necessário para iniciar a fissão nuclear completa. Isso resulta em uma explosão nuclear muito fraca com um rendimento minúsculo.

Um lançador de foguetes não destrói um avião imediatamente.

Há outro ponto importante a ser destacado. Um lançador de foguetes não destrói um avião quando é detonado. Ele explode e lança estilhaços por toda parte, cortando linhas hidráulicas e danificando a aeronave estruturalmente. O avião não seria transformado em fumaça e continuaria voando por um curto período de tempo antes de cair em uma bola de fogo. É até possível continuar voando por horas. Além disso, os mísseis guiados nem sempre atingem seus alvos e, quando atingem, nem sempre causam danos suficientes para derrubá-los. Durante o período em que o avião é incontrolável, mas antes de atingir o solo, alguém pode armar e detonar o dispositivo nuclear.