Eu diria o contrário. Assumindo que o Dynon EFIS é o seu principal instrumento de voo, eu ligaria em QNH ou QNE (dependendo da sua altitude). A prática comum é ter sempre o segundo altímetro configurado para QNE (1013.25hPa; 29.92inHg), mas se você não precisar de uma leitura de altitude nos Níveis de Voo, tudo bem se você configurar um altímetro para QFE.
Mas lembre-se: Mesmo usando essa prática você tem que alterar as configurações. QFE e QNH são ambos dependendo da pressão local e, portanto, mudam com bastante frequência. Se você estiver em um voo de cross country, terá que alterar os dois altímetros para diferentes configurações, a fim de ter uma altitude correta e uma leitura de altura correta.
Certifique-se também de usar sempre o mesmo altímetro para altitude e o outro para altura, para não usar valores errados do altímetro errado!