Eles recebem dano de bolas de fogo

A chave para mim é a palavra "efeitos" da sua citação:

The effects of the same spell cast multiple times...

Eu diria que o dano causado pela bola de fogo não é um "efeito" no contexto do que sua citação está falando. Este feitiço simplesmente causa dano e não tem "efeitos" adicionais.

Além disso (como apontado por @PJRZ), a seção da qual você cita começa com esta frase:

The effects of different spells add together while the durations of those spells overlap. (PHB, pg. 205)

Isto sugere que magias que simplesmente têm um efeito instantâneo não estão sob esta regra, elas efetivamente não têm durações. Isso também confirma que o contexto que eu mencionei acima é para efeitos contínuos de um feitiço, onde considerar bônus sobrepostos ou efeitos adicionais faz mais sentido.

Instantânea não é uma duração real, é apenas uma categoria de duração para os propósitos dessa propriedade de uma mágica

Instantâneo significa que não tem duração; quanto à duração de uma magia ser listada como instantânea, eu entendo que duração neste contexto significa simplesmente o nome de uma categoria, uma propriedade da magia, mas não é realmente uma "duração" a menos que um número seja dado (ou "Até dissipado"); ou seja, até que um período de tempo passe a tornar a "duração" significativa.

De PHB, pg. 203:

Duration

A spell's duration is the length of time the spell persists. A duration can be expressed in rounds, minutes, hours or even years. Some spells specify that their effects last until the spells are dispelled or destroyed.

Instantaneous

Many spells are instantaneous. The spell harms, heals, creates or alters a creature or an object in a way that can't be dispelled, because the magic only exists for an instant.

Além disso, o Guia de tudo de Xanathar (pág. 77) tem isto a dizer sobre Efeitos Simultâneos (graças a @ V2Blast por sugerir isso):

If two or more things happen at the same time on a character or monster’s turn, the person at the game table — whether player or DM — who controls that creature decides the order in which those things happen. For example, if two effects occur at the end of a player character’s turn, the player decides which of the two effects happens first.

Isso também sugere que ambas bolas de fogo devem ser resolvidas separadamente, fazendo testes de resistência e danos separados, como se eles não acontecessem simultaneamente, mas sim um após o outro como se tivessem acontecido uma fração de tempo aparte.

Dois Salva

Sua intuição está correta. Embora os efeitos descritos ocorram no mesmo turno e do mesmo gatilho, eles são dois efeitos separados e únicos que precisam ser julgados separadamente. Isso é mais facilmente interpretado em virtude da duração Instantânea da Bola de Fogo e há um número infinito de durações instantâneas que ocorrem em qualquer turno.

Isso poderia ser interpretado de forma semelhante a pisar em uma placa de pressão que aciona duas armadilhas separadas, talvez dardos venenosos e uma lâmina oscilante. Embora os dois efeitos estejam acontecendo por causa do mesmo gatilho, eles são separados e únicos.

O seu exemplo específico descreve efeitos instantâneos, mas pode ser útil para o seu entendimento visualizar essas outras perguntas para comparar com efeitos que tenham efeitos de longo prazo relacionados diretamente à citação de suas regras.

Como você determina o 'efeito mais potente' para feitiços sobrepostos?

Os Guardiões Espirituais soletram pilha com vários lançadores?

Como GM, eu olharia primeiro para o que faz sentido e segundo para as regras.

O que faz sentido é que, se você já está em chamas, um segundo não faz toda a diferença. Incêndios não "somam" de uma forma linear, caso contrário você poderia apenas segurar velas suficientes para começar a fusão.

O que também faz sentido é que dois é mais do que um e o esforço adicional gasto deve ser recompensado.

Eu diria assim:

Role o dano e salve para ambas as bolas de fogo, aplique somente o maior dano

Isso também resolve a natureza explorável dos glifos mencionados em outros comentários: não importa quantos glifos você acrescente, na melhor das hipóteses você ainda recebe apenas uma bola de fogo com dano máximo.

Esta resposta fornecerá uma interpretação alternativa das regras em contraste com esta outra outra resposta .

Um Salvar

"Instantâneo" é uma duração válida

Dado que está listado na entrada "Duração", "instantâneo" certamente é uma duração, embora seja tão pequena que não pode ser descrita na estrutura de regras usual (por exemplo, rodadas). Isso também corresponde ao uso usual de "um instante", como uma duração muito curta.

Como os dois feitiços são acionados precisamente no mesmo instante, as bolas de fogo se sobrepõem exatamente no mesmo curto espaço de tempo.

Dano é um efeito válido de uma mágica

O termo "efeito" é, tanto quanto eu sei, não definido nas regras. No entanto, magias de área (como bola de fogo) têm uma Área de Efeito , o que seria inútil, se não produzisse nenhum efeito.

Em linguagem comum, uma explosão (e os danos que inflige) certamente também devem contar como "um efeito" de algum tipo.

Resumida: As duas bolas de fogo produzem um certo efeito (dano de fogo) durante precisamente a mesma duração (ainda que pequena), e assim elas se sobrepõem e somente o efeito mais strong (maior dano) se aplica.

Decisão pessoal

Eu nunca permitiria que os glifos de proteção ficassem assim, simplesmente porque é tão facilmente abusável: por que qualquer BBEG e arquiteto de masmorras jamais gastaria 10.000gp em armadilhas diabólicas, quando eles poderiam simplesmente cobrir a entrada com 50 Glyphs of Warding em vez do mesmo preço, garantindo a morte instantânea para qualquer um tolo o suficiente para entrar? Eles ainda teriam que ser encontrados e desarmados individualmente, provendo um quase certo fracasso para qualquer ladino ganancioso, e mesmo com evasão, eles não fariam todos os 50 desses salvamentos.

Isso não leva em consideração outros usos, como a possibilidade de curar instantaneamente e aprimorar-se enquanto estiver em seu santuário, sem nem mesmo tomar uma ação para fazê-lo.