Este é Captain Bedlam , um conto do falecido Harry Harrison , parte de sua série Dois Contos e Oito Anciãos publicada entre 1958 e 1965. Você pode ter lido uma versão reimpressa dele nos anos 70 ou 80.
A melhor descrição que encontrei é do livro Construindo Novos Mundos, 1946-1959: A Era Carnell, Volume Um , mas combina perfeitamente:
"Captain Bedlam" (69), reprinted from the December 1957 US Space Adventures, proposes that humans can't stand up to the stress of space flight, and the only way to get around the problem is to induce a second personality to pilot the spaceships. The main personality never sees space and experiences only periods of amnesia. But the protagonist gets into real trouble, and his main personality wakes up just long enough to see the stars, before the third personality is invoked to deal with the emergency at the cost of considerable injury.
Eu encontrei isso pesquisando na web por "segunda espaçonave de ficção científica"; a página do Google Livros acima foi o 8º resultado (a primeira foi a sua pergunta, mas provavelmente é porque meu mecanismo de pesquisa sabe que passo muito tempo neste site).